Aan het eind van de laatste ijstijd is Almere een kaal en koud toendralandschap, zoals Lapland in het noorden van Zweden nu. Het licht glooiende terrein is bedekt met mossen en lage struikjes waar grote kudden rendieren grazen.
Het klimaat begint langzaam warmer te worden. Er komen hogere struiken en bosjes. Kleine stroompjes monden uit in de rivier de Eem die in westelijke richting naar zee stroomt. De oude steentijd (Paleolithicum) houdt op. Rondtrekkende jagersvolken leven in het toendralandschap; zij leven vooral van de rendierjacht. In kleine groepjes wonen ze in tijdelijke kampementen.
Het klimaat warmt verder op en de zeespiegel is flink gestegen door de gesmolten ijsmassa. Het water van de rivieren kan nu minder makkelijk wegstromen en er ontstaan veenmoerassen. De kweldergebieden lopen alleen bij de hoogste vloedstanden onder water. Het warmere klimaat zorgt voor meer verschillende dieren en planten. Zo komen hier elanden, edelherten en oerrunderen voor en ontstaat er op de hogere delen gemengd loofbos.
In de middensteentijd (Mesolithicum) verdwijnen de rendierkudden. Door het minder extreme klimaat kunnen de mensen langer op één plek blijven wonen. Ze leven van vissen, jagen en vruchten verzamelen. Het seizoen bepaalt waar ze wonen, al zijn vooral de hogere delen van het land (de dekzandruggen) geschikt.
De nieuwe steentijd (Neolithicum) begint. De mensen in 'Almere' leven van visvangst, wildjacht en het verzamelen van vruchten, zaden en noten. Voor het eerst is er ook landbouw. Dat betekent dat een deel van de mensen in grotere groepen bij elkaar kan wonen op vaste plekken. Dat is een voorwaarde wanneer je gewassen gaat verbouwen. Deze ‘boeren’ wonen in betere huizen en houden op kleine schaal vee.
In Stichtsekant wordt sinds 2013 onderzoek gedaan naar een aantal houten ‘visweren’. Een visweer is bestaat uit rijen houten palen met openingen ertussen waar fuiken in hangen. In dit geval gaat het om duizenden houten palen. Ze zijn in deze periode geplaatst in een groot meer dat nu al lang verdwenen is.
Uit onderzoek bleek dat de palen onderdeel waren van een aantal enorme installaties om vissen mee te vangen. Ook konden bewoners in de steentijd vissen levend bewaren om ze later op te kunnen eten. De grootte en het karakter van de gevonden visweren is voor Europa erg speciaal.
Zo'n 10.000 jaar geleden, aan het einde van de laatste ijstijd, staat de zeespiegel tientallen meters lager dan nu. Grote delen van de Noordzee staan droog; je kan van Engeland naar Denemarken of IJsland lopen. Nadat het ijs zich naar het noorden heeft teruggetrokken, blijft er zand achter. Het is een soort poolwoestijn, waarin het zand verwaait tot duinen en zandruggen: een landschap zoals de hoge Veluwe. Met veel beekjes en grote rivieren, zoals de rivier de Eem, die stroomt door waar nu Almere Buiten en Hout liggen.
Rond 3500 voor Christus, tijdens de nieuwe steentijd, dringt de zee steeds dieper het land binnen. Almere verandert in een moerasgebied met getijden. Perfect voor vogels, vissen en klein wild, maar minder geschikt voor mensen.
Rond 1700 voor Christus neemt de invloed van de zee af. Almere is dan vooral een uitgestrekt veenmoeras met een aantal grote meren. Wonen in dit hoogveengebied is niet meer mogelijk; sporen van mensen zijn niet meer te vinden.
Rond 100 voor Christus is de invloed van de zee nog minder geworden. Maar de meren zijn gegroeid. In het jaar na Christus maakt de Romeinse geschiedschrijver Pomponius melding van een 'Mare Flevum' (Flevozee). Er moet zich toen dus een groot meer op deze plek zijn geweest.
Rond 850 na Christus krijgt het grote meer een brede noordelijke verbinding met de zee. Waar de naam van het meer, 'Aelmere' vandaan komt, is nog altijd onduidelijk. In een reisbeschrijving van Bonifatius steekt deze missionaris het ‘Aelmere’ naar Friesland over. Sommige taalkundigen leggen dit uit als ‘meer (mere) met paling’ (âl). Anderen zien het woord ‘al’ als de Germaanse vertaling van ‘groot’: groot meer.
Rond 1350 is Flevoland bijna helemaal onder het water van de Zuiderzee verdwenen. Dijken beschermen een groot deel van het omringende land tegen het water, dat in open verbinding staat met de Waddenzee. Omdat er veel boten over de binnenzee varen en het er flink kan spoken, zinken hier regelmatig schepen. Ze komen op de zeebodem, die later werd drooggelegd.
